Менеджмента по отделениям скорее всего не будет. А вот выборочная замена наверное будет, да.
Все трофеи будут сортироваться по видам, а не по типам. Собирать будут после боя, по накопительной системе.
Про задание уровня трофеев в операции не понял если честно. изначально уровень трофеев будет = 0, по мере ведения боевых действий будет повышаться в зависимости от того за кем осталось поле боя с потенциальными трофеями.