1. Если меняешь имя файла на новое, тогда и меняй его в базе данных в меню которое относится к графике.
Там остаётся имя старого графического файла для объекта, меняй его на новый.
2. А в 3D файл упаковывается этот твой newmodel.j3d ? Посмотри в 3D.ndx файле, есть ли там имя этого нового файла. Если есть, то см. п.1
3. Переименуй расширение тхт на bat в приложенном файле, там же поменяй name.j3d, name.bmp, на нужное тебе название и потом запускай этот файл в папке Graphics. CmpUtil.exe и то что запаковываешь (j3d, bmp), должно находиться также в папке Graphics.