По поводу NTFS и иже с ней. Драйвер идущий в стандартном ядре имеет весьма ограниченные возможности. Есть проект http://www.linux-ntfs.org/. Там реализован более продвинутый драйвер и набор утилит по управлению - форматированию, восстановлению удаленных файлов и т.д.
Надо будет его посмотреть повнимательнее.