На РЛС это не повлияет. Точнее будет иметь место стандартное воздейтвие в виде ЭМИ от которого современные РЛС имеют хорошую защиту. Во всяком случае взрывать именно в ионосфере смысла нет.
На ИК системы обнаружения - тоже ЭМИ + возможно засветка матриц , что может привести как ко временному ослеплению , так и к полному выходу из строя.