Основной проблемой может быть опознавание своих ЛА и радиоэлектронная совместимость.
А разве нет возможности создать правила для автоматического перехвата, по которым в "автомате" комплекс будет стрелять только по целям, летящим с большой скоростью (свойственной реактивным снарядам)? Что то подобное на американском морском "Иджисе" сделано, насколько я помню.