Я знаю, что будет с Россией!

[FilippOk]

Как нужно было поступить? Премию дать работнику за его косяк? Сделать вид, что ничего не было?

Нет.
Заплатить и наказать.
Заплатить за работу и наказать за её невыполнение в срок.
Заплатить в полной мере, наказать... ну тут каждый начальник сам себе злобный Буратинище, я бы наказал процентов на 25 от оплаты конкретно этой работы, об которую споткнулись.
И обязательно не забыть объяснить, из чего сложилась оплата, сколько потеряно, почему, что, и как.

В довесок, пример с шестью лимонами. Чего не так директор там сделал? Раз все косяки работников- вина директора, стало быть и их удачи- директорова заслуга?

Там было прибыли 5 800 000 чистыми после всех налогов.
Продано было топливо (разных видов, от ДТ до бензинов и масел) с топливного склада, амортизации не было (пришло за два дня до этого из Новосиба), денег за хранение не платили. Просто купи-продай. Купили за копейки благодаря знакомству менеджера, и тут же перепродали втридорога, а клиент (тоже знакомы менеджера) согласился, поскольку это "втридорога" было всё равно дешевле, чем брать на рынке.
Рисков не было, оба клиента проверенные, оба сотрудничают с нами не первый десяток лет.
Участвовали только деньги предприятия при начальной покупке, и эти деньги сразу вернулись (все сделки провелись деньгами за трёхдневный период).

Если уж случилось так, что сотрудник знает, сколько он своими связями и через своих клиентов чистяком заработал для предприятия, то наверное, и премию можно выписать такую, чтобы этот сотрудник не воспринимал её как подачку, нет?