По-разному можно решать эту проблему. Т.к. тема ветки полностью фантастическая с прогнозом на 40-60 лет вперед, то можо упражнятся в фантазировании "решения инженерных проблем".
К примеру: второй излучатель с другой частотой - обеспечивающий безопасность выстрела и исключающий подрыв ракетки в канале ствола или на опасной дистанции к ЛА.
Дистнционный подрыв с помощью радиосигнала, сам по себе -не едиственный вариант такого решения.