Дядюшка wind как всегда в своем репертуаре
Hellfire, Predator... Давайте ещё выпишем B-2 и эскадрилью AH-64D Longbow для полного счастья.
Простенькой "Пчелки" или ещё более дешевого полицейского беспилотника для разведки хватит за глаза.
Топить джонки не надо - надо лишь проследить куда они направляются - а направляются они к ближайшей деревне или пиратскому порту.
Вариант "ещё дешевле" - догоняется одна из джонок на военном корабле (хотя бы и сторожевом катере) и силами находящихся на нем по такому случаю бойцов спецподразделения экипаж джонки допрашивается на предмет "где база?".

А потом разведанные используются в целях обычного артиллерийского обстрела с моря - дешево, сердито и очень эффективно.
Снаряды начинить напалмом.
Раньше с пиратскими портами именно так и поступали.

И не надо никакой авиации.
Хотя конечно - гвозди микроскопом забивать - оно лучше и эффективнее чем молотком, не спорю