в твоем конфиге лежит только настройка кривых твоих джоев. больше ничего там нет. замена конф.ини при запущеном ИЛе бессмысслена.
запускаешь ИЛ - он зачитывает конф.ини в память. можешь делать с ним что угодно - ИЛу пох. удалил его. закрываешь ИЛ - при закрытии ИЛ записывает конф.ини из памяти назад на диск.
так понятно?