Если кто-то из экипажа видит цель, то даже после того как она скрылась из вида маркером показывают некоторое время ее предположительное положение исходя из последней скорости и направления движения цели. Что, кстати, совсем не обязательно соответствует истинному местоположению скрывшейся цели.
Если сильно раздражает подсветка целей, то ее можно отключить в миссии CTRL+\ (если не ошибаюсь), или глобально (вместе с сообщениями экипажа о целях) в настройках игры.