Может я чего-то не понимаю? У меня стоит Арма2. На нее поставлен патч 1.07. Поверх на все это хозяйство поставлена Arrowhead. Если я играю на "сухом", то запускаю экзешник arma2.exe. Если играю в Arrowhead, то запускаю arms2ao.exe. Никаких проблем. Другие способы запуска в могу бестолковку не приходили.
P.S. Еще есть некоторый нюанс. В патче 1.05-1.07 нет BattlEye. его можно положить отдельно или поставить 1.0x-1.05-1.07. Но, судя по разговорам, он сейчас не работает и не используется. Дело в том, что он несовместим с текущим exe, собранным с LAA (работа с памятью более 2 гиг)