Не спорю. Только нужна исключительно государственная структура, которая будет всем этим управлять
Абсолютно неверно. Это советский подход неприемлимый для капитализма. Структура должна быть чисто рыночной.Ее основной целью в гражданской авиации должно быть зарабатывание денег.Полукоммеческая структура, да только как переходная годится.

А укрупнение структуры ни к чему хорошему не приведет. Начнется перетягивание одеяла между подразделениями, начнется двойная и тройная бухгалтерия и т.д. и т.п.
Укрурнение структуры приведет к тому , что не будет сотни одинаковых проектов.А передергивание одеяла возможно только если подразделения примерно равны.

Независимая организация имеет возможность выбрать тех смежников, которых хочет. В отличие от подразделения крупной гос. корпорации.
Все зависит от того , какая эта независимая организация. Грубо одно дело это Сухой и совсем другое Антонов. Разные произвдственные мощности , средства итд.Самый лучший вариант для нас это поглощение слабых предприятий сильными.Будет ли это сделано искусственно (ОАК с организацией по МС-21 , где все авиазаводы будут обслуживать сборку на Иркуте ) или естественно большого значения не имеет.

Я считаю, что каждое КБ должно иметь возможность выбирать, с кем дружить и что делать, в зависимости от возможностей и специализации
Право выбирать ни до чего хорошего не доведет. Каждое КБ будет стараться оттяпать кусок у своего соседа , и вместо разделения труда получим сплошное дублирование и склоки.

В ОАК начнутся свои лобби от разных смежников, и опять будет ситуация - "или вы покупаете у нас, или ваше начальство вам денег не дает".
крупной гос. корпорации.
Это зависит от того чем будет ОАК. Если это гос структура (причем неважно как она будет называться, ОАК или министерство) то да , появятся лобби. Если же это коммерческая структура , то этих лоббистов пошлют куда подальше, если они будут мешать делать деньги.

Для этого в стране нужно построить хорошую систему транспорта для перевозки грузов, нормальную систему его логистики и ответственности за качество и сроки перевозок. И нормальные законы, и средства их обеспечивающие, чтобы по этим законам можно было жить
Для чего этого? Для создания аналога МАП? Он уже практически создан - ОАК. Или для порки смежников и всяких структур? Так их без этого можно выпороть ( ССЖ).