В двух словах сложно К тому же каждый видит свои преимущества и недостатки и чтобы объективно оценить - нужно самому попробовать обе системы. Но попробую:
- В андройде намного более мощное и удобное управление рабочим столом.
- Единый маркет приложений(как платных, так и бесплатных), в котором на текущий момент уже очень много программ.
- более дружелюбный интерфейс и настройки
- стабильнее - память никуда не пропадает при продолжительной работе, что свойственно для win-mobile. Повесить андройд - это еще постараться надо.
- мощный и удобный дефолтный браузер с поддержкой флэш(с версии 2.2)

Есть и недостатки, например для работы с файлами надо устанавливать отдельную программу(типа проводника). Для любителей офиса - облом. по умолчанию такой возможности нет - нужно устанавливать софт дополнительный.