Домашние директории одинаковые, потому возможны глюки. Я подключался ко второму серверу в то время, как на первом кто-то летал. Мне второй сервер не нужен, но было интересно проверить.

Как я понимаю, confs.ini сервер прочитывает при старте и записывает обратно при выходе, так что с настройками проблем быть не должно - написать скрипт устанавливающий нужный confs.ini перед запуском сервера. А вот как он там пользуется директорией cache не понятно... Было бы полезно разделить домашние директории параметром при запуске.