Поменять никак. Винда нумерует джои в порядке увеличения номера производителя USB-устройства (VID).
А разве JoyID не меняет?
"JoyIDs_202.rar- эта утилитка поможет вам поменять ваши джойстики местами, т.е сделать swap id#1 на id#2 и наоборот, актуально у кого два и более джойстиков."