это опять же известный баг сх3 - в одиночной миссии созданной в средиземном море или арктике море и небо соответствуют нужному типу, а в процессе игры переход на соответствующие типы не происходит и игра продолжает обращаться по умолчанию к SeaType00=EnvColors_Atl.dat (кстати не именяется не только цвет воды но и неба тоже) . Возможно можно как то исправить и этот файл конфига (я пробовал но у меня не получилось - возможно я правил не так), а возможно проблема глубже. Я для себя решил её так - сделал пару модов где прописал SeaType00=EnvColors_Med.dat и SeaType00=SkyColors_Med.dat (во втором моде сделал тоже но под арктические воды) и устанавливаю их прямо в процессе игры в нужный момент.