да забудьте вы про аэродинамику, это всё вторично на самом деле. тяжёлые транспортники имеют низкий ровный пол. это их предназначение - возить тяжёлые негабаритные грузы. из этого следует такая компоновка фюзеляжа.
круизёры возят пассажиров. важен комфорт и экономичность. убрали моторы в хвост: комфортно, но большие моторы не поставить. перетяжеляется конструкция, велики потери. ставят под крыло: облегчается конструкция, можно сделать большое крыло, моторам хорошо, шум экранируется.
всё остальное повторю вторично и легко решаемо на стадии проектирования.