Дык вроде проблем особых нет... например смотрим сюда
http://jaydaemon.svn.sourceforge.net...2/daemon/impl/
Тут реализация всех команд и реакций на события...

Например вот команда list-missions
http://jaydaemon.svn.sourceforge.net...97&view=markup

Ничего не мешает написать свою kill-em-all и добавить тут. (думаю чуть пожже добавится возможность конфигурирования этого через конфиг)
http://jaydaemon.svn.sourceforge.net...98&view=markup

По идее даже можно замутить некий generic-groovy/python-command который будет исполнять произвольный скрипт на нужном языке...