Если "обратносвязные" оси реального джоя в игре заменены на виртуальные, то конечно его фидбек в игре будет незадействован, поскольку игра перестает общаться с реальным джоем.
В остальных случаях наличие вджоя влиять не должно. Он вообще никак не работает с фидбеком.