Вот я прикинул - есть еще один вариант для обсуждения.
Основа - упомянутая тобой система закладок на разные девайсы. И соответственно - разделение профайлов по девайсам. Правда, тогда придется отобрать у юзера право на произвольное именование файлов - программа должна будет жестко прописать хотя бы основную его часть, дав юзеру только добавить номер профайла, например.
Зато теперь станет действительно возможным обмен профайлами - получатель просто переименует чужой в соответствии со своими правилами.
Это просто как сырая идея, может, ничего путного и не выйдет.