Захват флагов не влияет на захват территории не эфемерных ни каких вообще, не придумывайте.
Тогда в чём механизм?

Правильно если они сидят на своих позициях в своем квадрате, он останется за ними, или есть сомнения?
Если покинули, то собственно в чем причина недовольства. Мне кажется или вы начали противоречить вашему изначальному посылу?
Постойте тут ведь момент то такой, что оба мои взвода удерживали те флаги, которые были около них, враг захватил 1 или 2 флага в моём тылу, т.е. я бы понял, если бы он захватил точки на которых были мои позиции, а так то получается что мои драпанули именно от осознания того, что враг где-то в их тылу.

Реалистичность такой системы выше чем у других игр в сходном жанре
Ну спорить не буду, ибо не знаю аналогов и ваша система в целом мне импонирует