Менять подключение резистора в таком случае не требуется - для каждой физической оси можно задать способ её использования - с центром или без. По сути разница между этими режимами - определение нуля оси при старте контроллера. Если заданы автоцентр и разрешена её калибровка - то центр будет определен после запуска процедуры калибровки (запускается из конфигуратора). Также на этапе работы с физическим сенсором можно инвертировать "направление" вращения резистора - не потребуется его перепаивать в готовой системе для получения нужного направления ( тоже самое относится и к МаRSам).

При калибровке контроллер определит центры осей (там где они заданы) - а также края ходов резисторов или MaRS-ов (для этого сделать полный ход движка). При желании можно потом вручную подкорректировать все величины калибровки, но обычно в этом нет необходимости.
Откалиброванный таким образом контроллер не требует последующей калибровки в ОС.