Власти не собирались останавливать процесс закрытия храмов, он продолжался, и неизвестно, каков был бы его конец, если бы не Великая Отечественная война (1941–1945). Однако ни начало войны, ни поражения первых месяцев, ни оставление обширных территорий врагу нисколько не повлияли на враждебное отношение Советского правительства к РПЦ и не побудили прекратить гонение. Лишь после того, как стало известно, что немцы попустительствуют открытию храмов (см. Великая Отечественная война) и на оккупированных территориях открыто 3732 храма, т.е. больше, чем во всей Советской России, а на территории собственно России, без Украины и Белоруссии, немцы способствовали открытию 1300 храмов, власти пересмотрели свою позицию. 4.09.1943 состоялась встреча митрополитов Сергия (Страгородского), Алексия (Симанского) и Николая (Ярушевича) со Сталиным. Утром следующего дня НКГБ СССР по приказу Сталина выделил в распоряжение митр. Сергия автомашину с шофером и горючим. Один день потребовался НКГБ для приведения в порядок особняка, отданного Патриархии, и 7 сентября. митр. Сергий со своим небольшим штатом переселился в Чистый пер.
Уже на 11 часов следующего дня было назначено открытие Собора епископов и возведение митр. Сергия в сан Патриарха (см. Архиерейский Собор 1943 г.). Таким образом Советское правительство демонстрировало миру перемену в своем отношении к РПЦ – лояльность, которая, впрочем, ограничилась несколькими акциями. На территории, захваченной немцами, храмы продолжали открываться и восстанавливаться, но ни Сталин, ни Советское правительство не собирались открывать церкви, предполагая ограничиться выгодами представительной деятельности РПЦ за рубежом.
Во все время Великой Отечественной войны не прекращались аресты духовенства. В 1943 г. было арестовано более 1 тыс. православных священников, из них расстреляно 500. В 1944–1946 гг. количество смертных казней ежегодно составляло более 100 чел. (Яковлев. С. 95–96). В 1946 г. Совет по делам РПЦ, образованный 8.10.1943 с целью наблюдения за умонастроениями в церковной среде и проведения распоряжений правительства, представил в Политбюро отчет о своей работе и о положении РПЦ и верующих в Советской России, в отчете были приведены следующие цифры:
«По состоянию на 1 января 1947 г. в СССР функционирует 13 813 православных церквей и молитвенных домов, что по сравнению с 1916 г. составляет 28% (не считая часовен). Из них: в городах СССР функционирует 1352 и в рабочих поселках, селах и деревнях – 12 461 церковь... Открыто немцами на оккупированной территории (главным образом, в УССР и БССР) – 7 тыс.; бывших униатских приходов, воссоединившихся с православной церковью (западные области УССР),– 1997. Распределение их по республикам и областям крайне неравномерно. Если на территории УССР функционирует 8815 церквей, то на территории РСФСР только 3082, и то из них около 1300 церквей открыто в период оккупации». В отчете говорилось об успехах в снижении религиозности в стране, достигнутых за 29 лет, однако с религией еще далеко не покончено, а «методы грубого администрирования, применявшиеся часто в ряде мест, мало себя оправдали» (АПРФ. Ф. 3. Оп. 60. Ед. хр. 1. Л. 27–31).
В объяснительной записке 1948 г. Совет по делам РПЦ привел следующие данные о количестве церквей и молитвенных домов в Советской России:
«На 1 января 1948 г. в СССР было 14 329 действующих церквей и молитвенных домов (11 897 церквей и 2432 молитвенных дома, что составляет 18,4% к количеству церквей, молитвенных домов и часовен в 1914 г., когда их было 77 767). Количество церквей в Украинской ССР составляет 78,3% к их числу в 1914 г., а в РСФСР – 5,4%... Увеличение числа действующих церквей и молитвенных домов произошло по следующим причинам: а) в период войны на территории, подвергавшейся немецкой оккупации, было открыто 7547 церквей (фактически еще больше, так как значительное число церквей после войны перестало функционировать ввиду ухода духовенства вместе с немцами и вследствие изъятия нами у религиозных общин школьных, клубных и т. п. зданий, занятых ими во время оккупации под молитвенные дома); б) в 1946 г. перешел в православие 2491 приход униатской (греко-католической) церкви в западных областях УССР; в) за 1944–1947 гг. вновь открыто с разрешения Совета 1270 церквей, главным образом в РСФСР, откуда были многочисленные и настойчивые просьбы верующих. Территориальное размещение действующих церквей неравномерное. Например. В областях и республиках, подвергавшихся оккупации в период войны, имеется 12 577 действующих церквей, или 87,7% всех церквей, а на остальной территории Союза – 12,3%. 62,3% всех церквей приходится на Украинскую ССР, причем самое большое количество церквей в Винницкой области – 814... На 1 янв. 1948 г. было зарегистрированных священников 11 846 и дьяконов 1255, а всего 13 101 человек, или 19,8% к числу их в 1914 г. ... На 1 янв. 1948 г. в СССР было 85 монастырей, что составляет 8,3% к числу монастырей в 1914 г. (1025 монастырей). В 1938 г. в СССР не было ни одного монастыря, в 1940 г. с вхождением в СССР Прибалтийских республик, западных областей УССР, БССР и Молдавии их стало 64. В период оккупации УССР и ряда областей РСФСР было открыто до 40 монастырей. В 1945 г. числился 101 монастырь, но в 1946–1947 гг. 16 монастырей ликвидировано» (Там же. Ед. хр. 6. Л. 2–6).
С середины 1948 г. давление государства на Церковь усилилось. 25.08.1948 Совет по делам РПЦ вынудил Свящ. Синод принять решение о запрещении крестных ходов из села в село, духовных концертов в храмах во внебогослужебное время, поездок архиереев по епархиям в период сельских paбот, служения молебнов на полях. Несмотря на многочисленные просьбы верующих об открытии храмов, с 1948-го по 1953 г. ни один храм не был открыт.
24.11.1949 Совет по делам РПЦ представил Сталину доклад, в котором говорилось о выполнении (начиная с 1945 г., но особенно в последние два года) постановления СНК СССР от 1.12.1944, предписывавшего закрывать открытые на оккупированной территории церкви (т. е. еще до окончания Великой Отечественной войны советское правительство приняло решение о закрытии открытых без его разрешения храмов). Совет докладывал:
«Немецкие оккупанты, широко поощряя открытие церквей (за время войны было открыто 10 000 церквей), предоставляли религиозным общинам для молитвенных целей не только церковные здания, но и помещения чисто гражданского характера – клубы, школы, детские дома, а также переоборудованные до войны для культурных целей бывшие церковные здания. Всего на временно оккупированной территории было занято под молитвенные цели 1701 такое общественное здание, из которых в настоящее время, то есть к 1.10.1949 г., 1150 зданий, или 67,6%, уже изъято и возвращено государственным и общественным организациям. Из них: в УССР – 1025 из 1445; в БССР – 39 из 65, в РСФСР и других республиках – 86 из 191. В целом это изъятие прошло организованно и безболезненно, однако в отдельных случаях имели место грубость, поспешность и самочинные действия, в результате чего группы верующих обращались и обращаются в Cовет и центральные правительственные органы с жалобами на изъятие зданий и грубые действия» (АПРФ. Ф. 3. Оп. 60. Ед. хр. 1. Л. 80–82).