Увы, не помогло.
Координаты, указанные в Flotilla.cfg у GWX, Schnellboot mod и Flotillav5 совпадают и в GWX все работает нормально. Значит телепортируют меня правильно - это получается причал уехал?!
Всё, вроде разобрался, отредактировал locations.cfg. Автор передвинул порты и поставил дополнительный пирс (непонятно зачем) прямо на катер.