Это вам т.н. клоны, уважаемый, попадаются. Это баг ванильной (она же стоковая) игры. Скорее всего вы имеете свойство иногда записываться и перезагружаться, когда рядом с вами находится потопленное и засчитанное судно, которое еще уже легло на дно, но просчитывается движком игры. В этом месте движок игры имеет занимательное свойство запоминать просчитываемое судно как объект неактивный в геймплейном смысле, но визуально отображаемый. Получается этакий корабль-призрак, на который тратятся торпеды и который топится как реальная цель, но который в зачет не идет.
Сталкивались и неоднократно. Бороться с этим можно так: после потопления и засчитывания судна (т.е. после доклада о том, что "Она идет вниз") отходить от места потопления примерно на час игрового времени куда-нибудь, чтобы лежащая на дне посудина выгрузилась из игровой памяти.
Могу дать рекомендацию, как без мода встречать больше крупнотоннажных судов, ибо такого мода в природе не существует. Он попросту не нужен.
Так вот: Не увлекайтесь прибрежной охотой! Чем дальше от берега, но на линиях коммуникаций противника - тем выше шанс встретить крупнотоннажную цель. Лайнеры и большие сухогрузы нужны для крупных перевозок на большие расстояния. В прибрежных водах можно управляться и малыми судами.