Она залезла так же, как в первой части христоматийный "чужой" залез в спасательный челнок. Зрителям это просто не показывают.
Про мотивацию - в первой части, первая встреча (пардон за тавтологию) и мотивация одна - выжить (при чём корпорация знает о "чужих"). Во второй, Рипли хочет их уничтожить, корпорация привести образец на Землю. Третья - ну допустим девочка могла быть инфицирована (как? остаётся за кадром) , за время полёта паразит перебрался в организм Рипли – додумать можно всё что угодно: например "чужой" не мог полноценно развиться в детском организме. Промежуточные формы "чужого" могли быть в челноке и в не саркофагов, затем нападение на собаку . и т.д. и т.п. Никаких свидетельств, что челнок попадает в Галактическую тюрягу посредством деятельности чужих ЕМНИП нет.
.......
Пардон память подвела - сейчас пересмотрел: как раз девочка инфицируется промежуточноё формой в челноке. Авария происходит вследствии жизнедеятельности промежуточной формы - выделятся кислота и жгёт обшивку вплоть до пожара, так что беру свои слова назад. Но считать эту деятельность разумной? Хм - не знаю. И сразу даётся намёк на инфицирование Рипли - стекло её саркофага разбито. Воощето, если особо не придираться: сюжет 2 и 3 части более менее логически связали.