Где? Отдельно распаковать flatdata и отдельно - config - это не автоматически.
В подавляющем большинстве игр (если уж есть утилиты для моддеров) текстовые конфиги (а также картинки и звуки) распаковываются вместе с общим архивом. У вас же все по-отдельности.
Сам процесс редактирования проще: в таблице найти нужный параметр проще, чем отсчитывать порядковый номер в двух десятках параметров и без описаний. Но общий процесс такой же замороченный - отдельная команда на компиляцию никуда не делась. Если бы редактор (или в данном случае Calc) сохранял файл И запаковывал, тогда другое дело - было бы так же просто, как в СЯ. Ну, и штатная методика моддинга с обязательным созданием мода добавляет еще действия.