Измерение в данном случае происходит за счёт фиксации фотонов.
"Измеряя число фотонов с частотой v13 из обратного перехода 3->1, мы измеряем тем самым число атомов, находящихся на основном уровне 1. "
Накачка атомов с 1 до 2 уровня происходит своим лазером и вероятность перевести атом из 1 в 2 уменьшается, если часто мерить переход с 3 в 1. Но такого не должно быть.